Puszcza Piska
Na terenie gminy Łyse znajdują się obszary Natura 2000. Pierwszym z nich jest obszar – Puszcza Piska. Zasięgiem swym obejmuję część miejscowości Łączki - kolonia Zamost.
Jest to obszar ochrony siedliskowej ptaków - Puszcza Piska. Obszar leży na granicy pomiędzy krainą Wielkich Jezior Mazurskich a Niziną Mazurską. Występują głównie lasy iglaste z dominującą sosną. W nasadzeniach liściastych dominują lipa i wiąz. Wokół zbiorników wodnych na terenach podmokłych występują zarośla olchowe i
różnego rodzaju zabagnienia.
Na całym Obszarze Specjalnej Ochrony – Puszcza Piska występuje co najmniej 37 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 12 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK). Jest bardzo ważną ostoją cietrzewia. W okresie lęgowym obszar zasiedla powyżej 2% populacji krajowej bielika i cietrzewia; ponadto obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: bocian czarny, orlik krzykliwy, puchacz, rybitwa rzeczna, włochatka; w stosunkowo wysokiej liczebności występuje derkacz.
Myszynieckie Bory Sasankowe
Kolejnym obszarem Natura 2000 na terenie Gminy Łyse są Myszynieckie Bory Sasankowe. Obszar w całości pokrywają lasy iglaste, w śladowej ilości siedliska rolnicze i lasy liściaste. Jest to teren utworzony przez piaski fluwioglacjalne, przynajmniej częściowo zwydmione, a deniwelacje przekraczają miejscami 15 m. Obszar podlega typowej gospodarce leśnej, ze zrębami zupełnymi. Dominują bory świeże. Wiek drzewostanu, prawie całkowicie zdominowany przez sosnę, jest zróżnicowany i obejmuje wszelkie klasy wiekowe.
Ostoję utworzono dla ochrony silnej populacji sasanki otwartej. Ponadto, w obrębie ostoi jest zlokalizowane małe zagłębie ze zbiorowiskami torfowiska wysokiego i boru bagiennego.